มีร์ซาเยฟเคยเป็นตัวแทนของอุซเบกิสถานในทีมชาติรุ่นอายุไม่เกิน 20, 21 และ 23 ปี เขาถูกเรียกติดทีมชาติรุ่นอายุไม่เกิน 20 ปี สำหรับการแข่งขันฟุตบอลโลกเยาวชน 2009 ที่ประเทศอียิปต์[3] ซึ่งในรายการนั้น อุซเบกิสถานจบอันดับที่สามของกลุ่ม รองจากกานาและอุรุกวัย และมีอันดับเหนือกว่าอังกฤษเพราะผลต่างประตูได้เสีย[4] ต่อมาเขาถูกเรียกติดทีมชาติรุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี สำหรับการแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชน 2013 ซึ่งในรายการนั้น อุซเบกิสถานจบเพียงอันดับที่ 3 ของกลุ่ม ไม่สามารถผ่านเข้าสู่รอบแพ้คัดออกได้

มีร์ซาเยฟลงเล่นให้กับทีมชาติชุดใหญ่ครั้งแรกในวันที่ 29 มีนาคม ค.ศ. 2015 ในนัดกระชับมิตรที่พบกับเกาหลีใต้[5]